Økonomisk krise
Ved inngangen til 1990-årene slet Sjømannskirken med store økonomiske problemer. Bakgrunnen var i all hovedsak den omstruktureringen organisasjonen hadde vært igjennom siden midten av 1970-årene, som følge av krisen i norsk skipsfart og den store tilbakegangen i antallet norske sjøfolk. Omstruktureringen førte blant annet til at store grupper støttespillere som hadde identifisert seg med organisasjonens oppgaver overfor sjøfolk, var blitt borte.
Både gaveinntektene, kretsinntektene og lotteriinntektene ble betydelig mindre, og det samme gjaldt de årlige offerinntektene fra landets lokale kirkemenigheter. Resultatet var at organisasjonen fra midten av 1980-årene ikke lenger klarte å holde tritt med de økende driftsutgiftene, og spesielt i perioden 1988–1992 var underskuddene store – i 1992 på hele 7,7 millioner. Spørsmålet var hvordan Sjømannskirken skulle forvalte sin nye og omfattende oppgave som Norsk kirke i utlandet i en så sårbar økonomisk situasjon.
For å bøte på situasjonen ble det for det første foretatt betydelige nedskjæringer. Sjømannskirken i Le Havre ble nedlagt og over ti stillinger inndratt. På kort sikt bedret disse tiltakene økonomien, men for å få en langvarig løsning på problemet måtte inntektsnivået opp. Som et viktig ledd i dette arbeidet ble det sendt forespørsel til Stortinget om utformingen av en Stortingsmelding som skulle gjennomgå Sjømannskirkens virksomhet. Forhåpningen var at Stortingsmeldingen i spørsmålet om organisasjonens økonomiske situasjon, skulle konkludere med behovet for et betydelig løft i statsstøtten.
Sjømannskirken hadde allerede i 1966 mottatt statsstøtte for første gang, en støtte som tilsvarte ca. 7 prosent av det totale budsjettet. I 1970 fikk organisasjonen også for første gang bevilget et lite ekstratillegg for kirkelig betjening av fastboende nordmenn i utlandet. I 1988 tilsvarte statsstøtten i overkant av 18 prosent av organisasjonens totale budsjett. I 1992 var det offentlige tilskuddet steget til i overkant av 30 prosent av Sjømannskirkens inntekter.
Som følge av Sjømannskirkens mandat som Norsk kirke i utlandet ble det i Stortingsmelding nr. 49 (2002–2003) «Uten grenser, om kirkelig betjening av nordmenn i utlandet» anbefalt at de statlige bevilgningene måtte økes. Og i Stortingets innstilling året etter ble det vedtatt en målsetting om fullfinansiering av Sjømannskirkens personalkostnader knyttet til utearbeidet, i tillegg til finansiering av et visst antall nøkkelstillinger ved organisasjonens hovedkontor. En slik størrelse på statsstøtten ville medføre en økning til omtrent halvparten av organisasjonens totale budsjett.
Realiteten ble imidlertid en annen, og den prosentvise økningen i statsstøtten uteble. Nesten ti år senere, i 2013, informerte generalsekretær Audun Myhre i en åpen høring i Kirke-, utdannings- og forskningskomiteen på Stortinget, informere om at Sjømannskirkens virksomhet igjen måtte nedtrappes om organisasjonen ikke fikk økte bevilgninger. Etterslepet var stort, og de statlige bevilgningene hadde stått stille i et tiår. I statsbudsjettet for 2014 var Sjømannskirkens bevilgninger fremdeles bare i overkant av 30 prosent av organisasjonens totale budsjett. Samtidig hadde Sjømannskirken økt bemanningen sin betraktelig for å imøtekomme behovet fra stadig flere nordmenn i utlandet.
