Høsten 1999 etablerte Sjømannskirken seg i Bangkok, i kirkelokalene til Svenska
kyrkan i utlandet som hadde vært til stede i byen siden 1993. Svenska kyrkan i
Bangkok skiftet da navn til The Scandinavian Church. Bakgrunnen for
Sjømannskirkens etablering var at et økende antall nordmenn oppholdt seg i
Thailand hvert år. Norske turister kom for kortere eller lengre perioder, mens
andre ønsket å bosette seg i landet for godt. Også norsk næringsliv var i denne
perioden på offensiven både i Bangkok og i andre byer Thailand.

De fastboende skandinavene utgjorde den største besøksgruppen ved kirken, og
ved årtusenskiftet hadde kirken i overkant av 10 000 besøkende årlig. Det ble
holdt gudstjenester annen hver uke og arrangert samtalegrupper, basargrupper,
barnegrupper og andre sosiale aktiviteter. Fengselsbesøk var en annen viktig del
av kirkens arbeid. Flere skandinaver sonet straffer på over 30–40 år i
thailandske fengsel, og prestene ved The Scandinavian Church kom for å besøke
de innsatte flere ganger i uken og holdt kontakt med deres pårørende hjemme.

Til Pattaya
I tillegg til kirke- og menighetsarbeidet i Bangkok besøkte sjømannskirken også
regelmessig de mange nordmennene i turistbyen Pattaya litt lenger sørøst i
landet. I 2005 vurderte Sjømannskirken det slik at det var større behov for en
sjømannskirke i Pattaya ettersom byen nå hadde det største norske miljøet i
Thailand, og flyttet dermed virksomheten hit. De ansatte ved sjømannskirken i
Pattaya reiser fortsatt regelmessig for å besøke nordmenn i Bangkok.